Les Nunchakus traditionnels Japonais, originaires de l'ile d'Okinawa, sont construits en bois et avec corde. Il n'y a jamais eu de version en métal ou avec chaîne de ce genre de Nunchaku. Ils ont des caractéristiques assez différentes des Nunchakus classiques:

Quand un élève a acquis une bonne connaissance des principaux Katas, ce qui prend quelques années, il est autorisé à pratiquer ce que l'on appelle le Renzoku-bunkai: un partenaire va attaquer l'élève avec une suite de coups prédéfinis qui devront être bloqués ou contrés grâce à des techniques, elles aussi prédéfinies. Pour simplifier, on pourrait dire qu'il s'agit de Katas à deux personnes. Cet exercice est tout d'abord exécuté lentement, ce qui permet de bien mémoriser chaque mouvement et de ne pas se blesser. La vitesse est ensuite progressivement augmentée. Le Renzoku-bunkai sert à acquérir certains réflexes, par exemple pour associer certains blocages à certaines attaques : ceci est très utile lors d'un combat réel, car l'élève aura immédiatement le bon mouvement pour répondre à une attaque. Différentes armes sont utilisées pour attaquer l'élève qui a le Nunchaku, mais la plus courante reste le bâton.
L'étape suivante pour un élève est le Kumite : il s'agit d'un combat réel armé contre un autre élève. Dans le passé, seuls les élèves ayant une très grande maîtrise de leur arme étaient autorisés à pratiquer le Kumite, car une erreur de quelques centimètres lors d'une frappe peut très vite devenir mortelle. Bien évidemment, les deux élèves ne devaient pas s'entretuer, l'objectif était souvent de désarmer son adversaire ou de le mettre à terre, mais cette pratique reste néanmoins dangereuse. De nos jours, les élèves sont autorisés beaucoup plus tôt à pratiquer le Kumite, mais des protections et des Nunchakus en mousse sont utilisés, afin d'éviter les blessures. Les techniques Japonaises ainsi enseignées sont très efficaces dans un combat réel, car elles sont apprises de manière assez réaliste au travers du Kumite. 